工程争议的焦点以及难点多涉及工程变更。工程变更条款对于工程量、工程款的确定至关重要。工程合同中应明确约定工程变更范围、变更权、变更程序、变更估价等主要条款。具体而言：

1.建议在施工合同中明确约定工程签证的申请流程、审核流程，并明确有权审核主体。为了避免承包人不断进行签证变更结算，可约定承包人申请工程签证对应结算款的时间期限，超过该时间限制的，则视为承包人放弃该签证对应结算款。

2.为规范承包人进行工程签证变更的行为，建议设置签证变更的限制条款，如：涉及隐蔽工程的签证变更应在隐蔽工程覆盖或拆除前；工程签证变更结算报价超过最终审定价的一定比例时，承包人应承担违约责任。此外，还应尽量避免签证变更的审批默示条款，如“发包人收到签证变更申请后，在约定期限内不予答复视为认可该签证变更”等类似表述。

3.关于变更价款的支付条款。变更费用的支付时间一般包括随进度款支付和随结算款支付两种方式。从发包人角度，应尽量争取在结算时支付签证费用以减小资金压力，也利于对承包人的施工管控。